Viện Trần Nhân Tông luôn chủ trương ưu tiên phát triển hợp tác lâu dài, tin cậy với các Học viện Phật giáo, các trường đại học, các tổ chức khoa học và giáo dục có uy tín trong nước và trên thế giới. Bên cạnh đó, Viện cũng chú trọng phát triển quan hệ với các tập đoàn, các doanh nghiệp trong và ngoài nước dưới hình thức hợp tác nghiên cứu khoa học ứng dụng Phật học vào trong đời sống văn hóa xã hội. Cùng với đó, các chương trình liên kết đào tạo trong nước và quốc tế cũng như việc hợp tác cùng nhau tổ chức các hội thảo khoa học quốc tế hay trao đổi cán bộ giảng viên, nghiên cứu viên, học viên v.v. cũng là một trong những nhiệm vụ trọng tâm trong công tác hợp tác phát triển của Viện.

Đến nay, Viện Trần Nhân Tông đã đặt quan hệ hợp tác với các trường đại học, học viện có uy tín trong nước và quốc tế. Ví như: Giáo hội Phật giáo Việt Nam, Học viện Phật giáo Việt Nam tại Hà Nội, Học viện Phật giáo tại TP. Hồ Chí Minh, Học viện Phật giáo tại Huế, Học viện Phật giáo Việt Nam tại Cần Thơ, Phật Quang Sơn Đài Loan (Trung Quốc), Pháp Cổ Sơn Đài Loan (Trung Quốc), Đại học Nam Hoa Đài Loan (Trung Quốc), Đại học Shukutoku Nhật Bản, v.v..

Mục tiêu là hợp tác hiệu quả, công bằng, hai bên cùng có lợi và phát triển là quan điểm hợp tác của Viện Trần Nhân Tông. Trong đó, kết hợp hài hòa giữ hợp tác trong nước và hợp tác quốc tế, thông qua đó quảng bá hình ảnh, thương hiệu của Viện Trần Nhân Tông nói riêng và của ĐHQGHN nói chung, từng bước đưa Viện Trần Nhân Tông thuộc ĐHQGHN trở thành Viện nghiên cứu đào tạo nhân lực về Phật học chất lượng cao của cả nước và hướng ra thế giới.